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リュウト編 前奏曲
２年前にオーレ地方でそれなりに大きな騒ぎとなった"第２次シャドー災害"。
大型貨物船が連れ去られるなどの信じられないような出来事を含む、ポケモン密輸組織シャドーが起こした一連の事件のことである。
それは１人の少年の活躍によって終局に向かった。
彼の名はリュウト オーレ地方でその名前を知らない者はまずいない。
彼は現在、ポケモン総合研究所にて研究員として、そしてテストトレーナーとして忙しくも充実した日々を送っていた。
だがある日、彼のもとに一本の国際電話がかかってくる。
"シャドー残党が活動を続けている可能性が高い"
この情報の通りならば、またオーレ地方全土に不安が広がることになる。
そしてまた多くのポケモンのココロが閉ざされてしまい、"戦闘マシン"としての悲しい宿命を背負うこととなる。
彼はすぐさま独自に調査を始めるのであった。
第1幕 動乱萌芽 リュウト編
影の鼓動
〜eXtra Dimension's strife〜